IT응용공학과의 대학원 과정은 IT 응용과 관련된 연구를 수행하는데 필요한 교과목으로 구성된다. 대학원 과정의 연구 분야로는 첨단 통신, U-헬스, 모바일컴퓨팅, 클라우드컴퓨팅, 지능형로봇, 차세대 네트워크, 스마트컴퓨팅 등으로 최신의 IT 응용 융합과 관련된 분야이다. 이러한 과정을 통하여 IT기반의 새로운 연구 분야에서 요구하는 응용 융합 기술에 대한 전문적인 연구 능력을 함양할 수 있다.